Es un miembro del violento y bárbaro clan Kaguya, e hijo de su antiguo líder, Katemaro Kaguya. El clan fue exterminado cuando atacó la Aldea Oculta de la Niebla, siendo él el único sobreviviente. La técnica línea sucesoria del clan Kaguya es la capacidad de dominar todos los huesos del cuerpo, ordenando a voluntad su endurecimiento, crecimiento, o reabsorción de un hueso creado. Entre las distintas formas de usar esa técnica está la de hacer salir del cuerpo un gran número de huesos a modo de espinas defensivas, la de disparar pequeños huesecillos desde sus dedos, la de crear una espada de hueso a partir de su columna vertebral, o un látigo, con una dureza similar al acero.

 Kimimaro había pasado su infancia encerrado en una celda por su propio clan, dado que vieron su gran poder y le temieron. Sólo para la invasión fallida a la Aldea Oculta de la Niebla le dejan libre, para que luchara junto a ellos. Al querer llegar al lugar de combate se encuentra con Zabuza Momochi acompañado con Haku cuando apenas lo había encontrado, Kimimaro les pregunta de que aldea son y responden que ya no pertenecen a esa aldea. Consigue quedarse al margen de la batalla gracias a la confusión reinante, y salva de esta forma su vida, pues todos lo demás miembros fueron aniquilados por la superioridad numérica de los ninjas defensores. Justo tras esta batalla, Orochimaru le encuentra y le propone que le acompañe, cosa que el joven acepta. A raíz de esta estancia con el Sannin, Kimimaro acabará profesando una absoluta adoración a Orochimaru, siendo quizá su más fiel siervo.

Debido a su técnica de línea sucesoria, Kimimaro fue el cuerpo más deseado por Orochimaru para poder tranferir a él su alma llegado el momento, y perpetuar su existencia, garantizándose así la inmortalidad que busca, junto con un poder enorme. Sin embargo, para gran pesar de Kimimaro, este cae enfermo, y pierde así la oportunidad de realizar este servicio a su amo, cosa que lamenta hasta su muerte. Este imprevisto hace que Orochimaru ponga sus ojos en Sasuke Uchiha.