Según la forma en que se moldea el chakra, las técnicas (jutsu) se pueden clasificar en tres tipos. Las técnicas de línea sucesoria también son clasificables aquí:

Es uno de los componentes para la realización de ninjutsu y genjutsu. Son las distintas combinaciones o sincronizaciones que se pueden realizar con los dedos y las manos. Existen varios aunque los básicos son doce, los demás denominados sellos especiales se pueden considerar como simples “abreviaturas” de combinaciones de los sellos básicos. En una misma técnica se pueden realizar varios tipos de secuencia, y una misma técnica suele utilizar más de una secuencia de sellos. Para la realización de ninjutsu y genjutsu se necesita la combinación de los sellos de forma armónica al moldeo de chakra, sino la técnica no funcionara.

1. Ne (rata)

3. Tora (tigre)

4. Usagi (liebre)

5. Ryuu (dragón)

6. Hebi (serpiente)

7. Uma (caballo)

8. Hitsuji (cabra)

9. Sat (mono)

10. Tori (pájaro o gallo)

11. Inu (perro)

12. Ni (jabalí)

Técnicas ilusorias o hipnóticas, que alteran la percepción de la realidad en aquel sobre el que se realizan. Kurenai Yuhi es experta en ellas. No se sabe mucho de este tipo de técnicas excepto que requieren de un alto grado de inteligencia para llevarse a cabo y aún así pueden romperse al detener la circulación de Chakra por el cuerpo o cuando el cuerpo de la víctima o el usuario del genjutsu reciben un golpe que los saque del trance. Especialistas de ellas son Itachi Uchiha (tsukuyomi) y los ancianos sapos que ayudaron a Jiraya contra Pain.

Es el rango más amplio de técnicas ninja. En ella se agrupan todas las tecnicas que requieran del uso de Chakra pero a diferencia de las ilusiones estas si causan daño directamente. Pueden englobarse aquí algunas como el Kage Bunshin no jutsu

Son las técnicas oculares como el Sharingan, Byakugan y Rin'negan. Normalmente son técnicas que solo se reciben como herencia de un clan ninja y suelen tener capacidades especiales únicas.

Muchos de los ninjutsu usados inician su nombre con una mención al elemento al que pertenecen:

Existen otros elementos secundarios creados combinando dos de los anteriores. Son técnicas de línea sucesoria: